Во времена Крымского ханства Саки представляли собой небольшое село, входившее во владения знатного крымского рода Мансур. Происхождение названия возможно от названия племён саков, проживавших в этих местах в древние времена[9](название восходит к скифскому слову saka — ‘олень’).
В 1827 году в Саках была основана первая в Российской империи грязелечебница, а десять лет спустя здесь открылось отделение Симферопольского военного госпиталя.
В годы Крымской войны недалеко от Сак, между озёрами Сакским и Кызыл-Яр, высадились войска коалиции, в дальнейшем участвовавшие в осаде Севастополя. В начале февраля 1855 года здесь сосредотачивались войска генерала С. А. Хрулева перед штурмом Евпатории. Во время обстрела противником селение Саки было разрушено.
После Крымской войны в ходе второй волны эмиграции крымских татар в 1860—1864 годах, согласно «Памятной книжке Таврической губернии за 1867 год», Саки покинула большая часть крымскотатарского населения, но позже населённый пункт вновь был заселён татарами, греками и русскими переселенцами. Застраивался разрушенный и брошенный населением посёлок медленно. В 1858 году здесь поселились переселенцы из Полтавской губернии, позднее появились и греки, выходцы из Константинополя. Город получил свой герб, на котором изображён бронтозавр.
Однако настоящим городом Саки стали в советскую эпоху, когда происходил бурный рост населения.
В 1952 году ему присвоен статус города.
После присоединения в 2014 году Крыма к Российской Федерации в рамках созданного в России территориального деления Республики Крым вместо Сакского горсовета был создан городской округ Саки.